O governo justificou a criação do sistema de substituição tributária de duas maneiras: facilitar a cobrança básica do ICMS e reduzir a sonegação. O argumento era de que a indústria pagaria o imposto total na origem deixando o comércio livre. No entanto, está havendo um cruel aumento de impostos e a substituição tributária é um novo imposto que desestimula o comércio e estimula a sonegação. O pagamento efetuado na origem obriga uma antecipação de impostos que pode alcançar 60 a 90 dias, em média, em função do tempo que as mercadorias permanecem em estoque no varejo. Bem diferente do ICMS cujo imposto é pago após a venda dos produtos.  Isto resulta em um custo extra para o comércio, em virtude do preço do dinheiro. Pelo novo sistema, o imposto é calculado pelas Margens de Valor Agregado (MVA), definidos pelo governo, normalmente acima da realidade, provocando aumento de impostos.

Nas operações através do tradicional ICMS, utilizado há mais de meio século, os impostos são pagos pelo lucro real obtido em cada operação, o que é mais justo e correto. Com o sistema da substituição tributária, as empresas ficam amarradas ao MVA. Em São Paulo, por exemplo, a Secretaria da Fazenda alterou recentemente o MVA do setor de autopeças de 40% para 79,61%, elevando os preços na cadeia produtiva, o que reduziu as vendas. Sabemos, também, que esta prática afeta diretamente as micros e pequenas empresas, que perdem o poder de competitividade. Também aqui pode acontecer, a qualquer momento, este aumento. Os deputados gaúchos permitiram esta prática, ao aprovarem, no dia 10 passado, o projeto de lei 128/12 encaminhado pelo Executivo. E tem mais: o mesmo PL também ampliou o poder do governo estadual em alterar as alíquotas. O mais surpreendente, no entanto, é que ninguém conseguiu reverter esse quadro, embora as federações tenham tentado.